El Municipio Villa Los Almácigos era en el año 1863 una Jurisdicción de la Provincia Dajabón. El 6 de Marzo de ese mismo año hubo una convención en los Almácigos donde se decidió la revolución que al final estalló en Capotillo, la Guerra Restauradora.
A principio del siglo XX hasta la década de los 70, los Almácigos fue un Paraje de la Sección de Inaje, Santiago Rodríguez. En recorrido que hizo Trujillo a la frontera Dominico-haitiana en 1937, pasó por Los Almácigos le agradó el lugar y en honor a esta visita el Ayuntamiento de Sabaneta, envía una resolución al Congreso Nacional solicitando el cambio de Villa Los Almácigos por Villa Generalísimo. En diciembre del 1937 el congreso aprobó dicha resolución, el morir Trujillo la comunidad recobró su antiguo nombre en honor al arroyo que lo circunda.
En 1959 Los Almácigos es asiento de una Delegación Municipal ya con mercado, iglesia matadero, alumbrado eléctrico, dispensario médico, puesto policial, agencia postal y telegráfica.
En 1974 cambia de categoría política pasando de paraje a Distrito Municipal, mediante la Ley 659 del 16 de abril del mismo año.
Entre sus primeros pobladores se citan Olegaria Rodríguez, Goyito Guzmán, Felicita Plasencia, Carlista Medina, Pety Ruben, Tabú, Israel, Eloísa Vitoriano Pichardo, Mercedes Beco, Natividad Campo (Lala) Jerónimo Turen, Machina Campo, Yayo Fernández, Juana Franco, entre otros.
